Pelgrims waren kwetsbaar voor een verscheidenheid aan ziekten, waarvan er vele fataal of invaliderend waren.

Naast het koude, vochtige weer in New England ontbrak het de pelgrims aan elementaire hygiëne- en sanitaire voorzieningen, wat bijdroeg aan hun hoge sterftecijfers.

Enkele van de ziekten die de pelgrims troffen, waren onder meer:

- Scheurbuik:een ziekte die wordt veroorzaakt door een tekort aan vitamine C. Symptomen zijn onder meer vermoeidheid, zwakte, bloedend tandvlees en huidzweren.

- Pokken:een zeer besmettelijke ziekte die wordt gekenmerkt door uitslag van kleine rode bultjes. Symptomen omvatten ook koorts, koude rillingen en hoofdpijn.

- Mazelen:een zeer besmettelijke ziekte die wordt gekenmerkt door uitslag van kleine rode vlekjes. Symptomen omvatten ook koorts, koude rillingen en hoesten.

- Dysenterie:een bacteriële infectie van de darmen die ernstige diarree, buikpijn en koorts veroorzaakt.

- Tuberculose:een bacteriële infectie van de longen die koorts, hoesten, gewichtsverlies en zwakte veroorzaakt.

- Kinkhoest:een zeer besmettelijke luchtweginfectie die wordt gekenmerkt door ernstige hoestbuien. Symptomen omvatten ook koorts, koude rillingen en hoofdpijn.

- Buiktyfus:een bacteriële infectie die het spijsverteringsstelsel aantast. Symptomen zijn onder meer koorts, diarree, braken en buikpijn.