Wanneer een virus de lysogene cyclus binnengaat, integreert het zijn DNA in het genoom van de gastheercel. Dit kan verschillende effecten hebben op het organisme:

1. Lysogenie: Het virus-DNA blijft inactief in het genoom van de gastheercel en produceert geen nieuwe virussen. De gastheercel kan normaal functioneren en vertoont mogelijk geen tekenen van infectie.

2. Celtransformatie: De integratie van viraal DNA in het genoom van de gastheercel kan de genexpressie en het gedrag van de cel veranderen. Dit kan leiden tot veranderingen in het metabolisme, de groei en de differentiatie van de cel. In sommige gevallen kan de cel kankerachtig worden.

3. Profaaginductie: Onder bepaalde omstandigheden, zoals blootstelling aan UV-licht of andere stressoren, kan de profaag ertoe worden aangezet de lysogene cyclus te verlaten en de lytische cyclus binnen te gaan. Dit kan leiden tot de productie van nieuwe virussen en de lysis (vernietiging) van de gastheercel.

4. Immuniteit tegen superinfectie: De aanwezigheid van een profaag in het genoom van de gastheercel kan immuniteit bieden tegen superinfectie door andere verwante virussen. Dit komt omdat de gastheercel al een kopie van het virale DNA heeft, zodat het nieuwe virus zijn DNA niet kan integreren en een nieuwe infectie kan veroorzaken.

De specifieke effecten van een virus in de lysogene cyclus zullen afhangen van het type virus en het gastheerorganisme.