Er is geen definitief antwoord op de vraag wat ervoor zorgde dat de zwarte pest ophoudt. Er zijn echter een aantal factoren waarvan wordt gedacht dat ze hebben bijgedragen aan de achteruitgang ervan, waaronder:

* verbeteringen in hygiëne en sanitaire voorzieningen. In het begin van de 14e eeuw begonnen mensen in Europa meer stappen te nemen om de hygiëne en sanitaire voorzieningen te verbeteren. Deze stappen omvatten vaker het wassen van hun handen, het gebruik van zeep en het vaker schoonmaken van hun huizen en straten. Deze maatregelen hebben bijgedragen aan het verminderen van de overdracht van de pestbacillus.

* De ontwikkeling van immuniteit. In de loop van de tijd ontwikkelden mensen die de pest hebben overleefd, immuniteit. Deze immuniteit hielp hen te beschermen tegen toekomstige uitbraken van de ziekte.

* de achteruitgang van de rattenpopulatie. De pestbacillus wordt gedragen door ratten, dus de achteruitgang van de rattenpopulatie heeft geholpen de overdracht van de ziekte te verminderen. De daling van de rattenpopulatie kan zijn veroorzaakt door een aantal factoren, waaronder het gebruik van rattengif en de verspreiding van katten.

* veranderingen in het klimaat. Sommige historici geloven dat veranderingen in het klimaat misschien ook een rol hebben gespeeld in de achteruitgang van de zwarte pest. De pest Bacillus gedijt in warme, vochtige omstandigheden. In de 14e eeuw ondervond Europa echter een periode van koeler, droger weer. Deze omstandigheden waren minder gunstig voor de pest Bacillus en hebben mogelijk geholpen de verspreiding ervan te vertragen.

Het is belangrijk op te merken dat de zwarte pest na de 14e eeuw niet volledig is verdwenen. Het bleef honderden jaren uitbarsten in uitbraken in heel Europa en Azië. De uitbraken waren echter nooit zo ernstig als de initiële pandemie en de ziekte werd uiteindelijk veel minder gebruikelijk.