Het Ebola-virus kent vijf bekende subtypes:

* Zaïre-ebolavirus is het meest dodelijke subtype, met een sterftecijfer tot 90%. Het werd voor het eerst geïdentificeerd in de Democratische Republiek Congo (toen Zaïre) in 1976.

* Soedanese ebolavirus is ook zeer dodelijk, met een sterftecijfer tot 50%. Het werd voor het eerst geïdentificeerd in Soedan in 1976.

* Taï Forest ebolavirus is minder dodelijk, met een sterftecijfer tot 10%. De soort werd voor het eerst geïdentificeerd in Ivoorkust in 1994.

* Bundibugyo-ebolavirus is ook minder dodelijk, met een sterftecijfer tot 25%. De soort werd voor het eerst geïdentificeerd in Oeganda in 2007.

* Reston ebolavirus is het enige bekende ebolavirus dat niet pathogeen is voor de mens. Het werd voor het eerst geïdentificeerd in de Filippijnen in 1989.