Latentie is de laatste fase van een virale infectie vóór ontsnapping.

Tijdens de latentieperiode bestaat het virus in het lichaam zonder enige symptomen te veroorzaken, maar behoudt het nog steeds de mogelijkheid tot reactivering. De latentieperiode kan in lengte variëren, variërend van enkele weken tot meerdere jaren, afhankelijk van het type virus. Tijdens deze fase is het virale genoom aanwezig, maar blijft het in rust in de gastheercellen, voornamelijk in specifieke weefsels of organen. Het immuunsysteem is zich mogelijk niet bewust van of is niet in staat het latente virus volledig uit te roeien, waardoor het in het lichaam kan blijven bestaan. Factoren die virale reactivering veroorzaken, kunnen onder meer een verzwakte immuunrespons zijn als gevolg van stress, veroudering of immunosuppressieve aandoeningen, wat leidt tot het opnieuw optreden van actieve infecties.