De Grote Brand van Londen had feitelijk een negatieve invloed op de pest. De brand verwoestte veel van de besmette gebouwen en doodde veel van de besmette mensen, maar creëerde ook ideale omstandigheden voor de verspreiding van de pest. De dakloze overlevenden van de brand werden gedwongen in overbevolkte en onhygiënische omstandigheden te leven, waardoor ze vatbaarder werden voor de ziekte. Bovendien verstoorde de brand de infrastructuur van de stad, waardoor het moeilijk werd voedsel en water te distribueren en de verspreiding van de ziekte onder controle te houden. Als gevolg hiervan bleef de pest zich na de brand enkele maanden in Londen verspreiden.
