Niet alle E. coli-stammen die urineweginfecties (UTI's) veroorzaken, zijn uropathogeen. Uropathogene E. coli (UPEC) zijn specifieke stammen die virulentiefactoren hebben verworven waardoor ze de urinewegen kunnen koloniseren en infecteren. Deze virulentiefactoren omvatten fimbriae, die de bacteriën helpen zich te hechten aan uroepitheliale cellen, toxines die uroepitheliale cellen beschadigen, en enzymen die weefselinvasie vergemakkelijken.

Hoewel UPEC de meest voorkomende oorzaak van urineweginfecties is, kunnen andere E. coli-stammen die deze specifieke virulentiefactoren missen, af en toe ook urineweginfecties veroorzaken. Deze niet-uropathogene E. coli-stammen kunnen urineweginfecties veroorzaken bij personen met een aangetast immuunsysteem of onderliggende aandoeningen die de normale afweer van de urinewegen veranderen.

Daarom kunnen niet alle E. coli-stammen die urineweginfecties veroorzaken, als uropathogeen worden geclassificeerd. Alleen die stammen die specifieke virulentiefactoren bezitten en die urineweginfecties kunnen veroorzaken bij verder gezonde individuen, worden als uropathogene E. coli beschouwd.