Hoewel CT-hersenscans niet routinematig worden gebruikt bij de diagnose van migraine, kunnen ze nuttig zijn bij het uitsluiten van andere mogelijke oorzaken van hoofdpijn, zoals hoofdpijn, bloedingen, tumoren of andere structurele afwijkingen. In bepaalde situaties kan een CT-hersenscan worden besteld als de migrainesymptomen ernstig of atypisch zijn, als er nieuwe of progressieve neurologische symptomen zijn, of als er bezorgdheid bestaat over mogelijke onderliggende structurele afwijkingen. Bovendien kunnen CT-hersenscans nuttig zijn bij het evalueren van complicaties van migraine, zoals cerebrale veneuze trombose of posterieur reversibel encefalopathiesyndroom (PRES).