Lage hCG-waarden en een gemiste menstruatie kunnen worden veroorzaakt door een zwangerschap die zich niet normaal ontwikkelt, zoals een chemische zwangerschap of een buitenbaarmoederlijke zwangerschap. Een andere veel voorkomende reden voor lage hCG-waarden is dat de zwangerschap niet zo ver gevorderd is als geschat. Dit kan gebeuren als de vrouw later ovuleert dan verwacht of als het embryo langzaam groeit. Als de hCG-waarden erg laag zijn, kan dit een teken zijn dat de zwangerschap niet levensvatbaar is. In dit geval kunnen de spiegels uiteindelijk dalen en kan de vrouw last krijgen van bloedingen of spotting.