Bij gastro-oesofageale refluxziekte (GERD) ligt de storing in de onderste slokdarmsfincter (LES), die niet goed functioneert als eenrichtingsklep tussen de maag en de slokdarm. De LES is een cirkelvormige spier die normaal gesproken opengaat om voedsel en drank in de maag te laten passeren en vervolgens sluit om te voorkomen dat de maaginhoud terugstroomt naar de slokdarm.

Bij personen met GORZ is de LES verzwakt of ontspant zich op ongepaste wijze, waardoor maagzuur en andere inhoud terug in de slokdarm lekt. Zuur uit de maag irriteert het slijmvlies van de slokdarm, soms langdurig als gevolg van herhaalde terugstroming, wat bijdraagt ​​aan het spectrum van symptomen en daarmee samenhangende problemen die met deze aandoening gepaard gaan.