Lupus wordt niet veroorzaakt door een microbe (zoals een bacterie of virus). Het is een auto-immuunziekte, wat betekent dat het immuunsysteem van het lichaam per ongeluk zijn eigen weefsels aanvalt, wat leidt tot wijdverbreide ontstekingen en schade aan organen. De exacte oorzaak van lupus is nog niet volledig bekend, maar er wordt aangenomen dat er sprake is van genetische factoren, omgevingsfactoren en hormonale onevenwichtigheden.