De risico's van röntgenfoto's van de schedel zijn over het algemeen laag, maar kunnen het volgende omvatten:

- Blootstelling aan straling: Röntgenfoto's van de schedel omvatten blootstelling aan ioniserende straling, die cellen en DNA kan beschadigen. De hoeveelheid straling die wordt gebruikt bij röntgenfoto's van de schedel is echter relatief klein en het risico op ernstige gezondheidseffecten is laag.

- Contraster materiële reacties: Bij sommige schedelröntgenfoto's kan het gebruik van contrastmiddelen nodig zijn om de beeldkwaliteit te verbeteren. Deze contrastmiddelen kunnen allergische reacties veroorzaken, waaronder huiduitslag, jeuk en ademhalingsmoeilijkheden. In zeldzame gevallen kunnen contrastmiddelen ook ernstige bijwerkingen veroorzaken, zoals nierfalen en hartstilstand.

- Zwangerschapsrisico's: Er mogen tijdens de zwangerschap geen röntgenfoto's van de schedel worden gemaakt, tenzij dit absoluut noodzakelijk is, omdat de straling de zich ontwikkelende foetus kan schaden.