Metronidazol wordt doorgaans niet gebruikt om herpes te behandelen. Het is een antibioticum dat effectief is tegen bepaalde soorten bacteriën en parasieten, maar geen antivirale werking heeft. Herpes wordt veroorzaakt door een virus, dus metronidazol zou geen effectieve behandeling zijn. Er zijn antivirale medicijnen die speciaal zijn ontworpen om herpes te behandelen.