Mutatie zou niet schadelijk zijn als deze de structuur en functie van het eiwit niet beïnvloedt of als de mutatie plaatsvindt in een niet-coderend gebied.

Als een mutatie niet resulteert in een verandering in de aminozuursequentie, staat deze bekend als een stille mutatie en heeft deze geen enkel effect op het eiwit. Dit kan gebeuren wanneer de mutatie het codon niet verandert of wanneer het codon verandert in een codon dat codeert voor hetzelfde aminozuur.

Bovendien is het minder waarschijnlijk dat mutatie in niet-coderende regio's, zoals introns of intergene regio's, schadelijk is omdat deze regio's niet direct betrokken zijn bij de eiwitsynthese of -regulatie.