Mannen hebben een grotere kans op het Fragile X-syndroom omdat het gen dat de aandoening veroorzaakt zich op het X-chromosoom bevindt. Mannetjes hebben slechts één X-chromosoom, terwijl vrouwtjes er twee hebben. Dit betekent dat als een man een mutatie op zijn X-chromosoom heeft, hij door de aandoening wordt getroffen. Vrouwen zouden daarentegen alleen getroffen worden als beide X-chromosomen mutaties hebben, wat minder waarschijnlijk is.

Bovendien hebben mannen slechts één kopie van het FMR1-gen, dat verantwoordelijk is voor de productie van een eiwit dat nodig is voor een normale ontwikkeling. Als dit gen gemuteerd is of ontbreekt, zullen mannen het Fragile X-syndroom hebben. Vrouwtjes daarentegen kunnen één gemuteerd FMR1-gen hebben en nog steeds de andere kopie hebben om in het noodzakelijke eiwit te voorzien, waardoor de kans op het ontwikkelen van het syndroom kleiner wordt.

Het is waarschijnlijker dat het Fragile X-chromosoom onstabiel is en breekt bij mannen dan bij vrouwen, wat leidt tot de volledige mutatie, die het Fragile X-syndroom veroorzaakt.