Bij het Klinefelter-syndroom is het extra aanwezige geslachtschromosoom een ​​extra kopie van het X-chromosoom, resulterend in het karyotype 47,XXY. Daarom zou het extra geslachtschromosoom kenmerken hebben die typisch zijn voor een X-chromosoom en niet lijken op het Y-chromosoom. De aanwezigheid van één normaal X-chromosoom samen met het extra chromosoom kan de morfologie en genexpressiepatronen van het extra X-chromosoom beïnvloeden, maar verandert het niet in een Y-chromosoom.