Hemangiomen kunnen voorkomen in inwendige organen, maar komen veel minder vaak voor dan huidhemangiomen. Ze kunnen de lever, milt, longen, hersenen en andere organen omvatten. Interne hemangiomen kunnen, afhankelijk van hun locatie en grootte, ernstige klinische manifestaties veroorzaken. Ze kunnen functionele beperkingen, bloedingen, trombose, compressie van aangrenzende structuren en andere symptomen veroorzaken, afhankelijk van de locatie en de grootte van de laesie.