De hersenen zijn een complex orgaan en autisme is een complexe aandoening die veel verschillende delen van de hersenen aantast. Enkele van de gebieden waarvan wordt aangenomen dat ze betrokken zijn bij autisme zijn:

* De prefrontale cortex: Dit deel van de hersenen is verantwoordelijk voor cognitieve functies van hogere orde, zoals planning, besluitvorming en sociale interactie. Mensen met autisme hebben vaak moeite met deze functies.

* De amygdala: Dit deel van de hersenen is betrokken bij het verwerken van emoties. Mensen met autisme hebben vaak moeite met het herkennen en begrijpen van emoties bij zichzelf en anderen.

* De hippocampus: Dit deel van de hersenen is betrokken bij het geheugen en leren. Mensen met autisme hebben vaak moeite met deze functies.

* Het cerebellum: Dit deel van de hersenen is betrokken bij de motorische coördinatie. Mensen met autisme hebben vaak moeite met de motoriek.

Het is belangrijk op te merken dat autisme niet wordt veroorzaakt door een enkele afwijking in de hersenen. Er wordt eerder gedacht dat het wordt veroorzaakt door een combinatie van genetische en omgevingsfactoren die van invloed zijn op de manier waarop de hersenen zich ontwikkelen en functioneren.