Allogeen verwijst naar cellen, weefsels of organen die afkomstig zijn van een genetisch verschillend individu van dezelfde soort. In de context van medische transplantaties verwijzen allogene transplantaten naar transplantaties tussen individuen die niet genetisch identiek zijn, zoals van een donor naar een ontvanger binnen dezelfde soort.

Bij allogene beenmergtransplantatie worden bijvoorbeeld beenmergcellen van een donor afgenomen en getransplanteerd in een ontvanger wiens immuunsysteem is aangetast of beschadigd. Omdat de donor en de ontvanger verschillende genetische achtergronden hebben, kunnen de immuuncellen in het getransplanteerde beenmerg de weefsels van de ontvanger als lichaamsvreemd herkennen en een immuunreactie tegen het transplantaat initiëren. Deze immunologische incompatibiliteit kan leiden tot graft-versus-hostziekte (GVHD), een ernstige complicatie bij allogene transplantatie.

Om het risico op GVHD te minimaliseren en een succesvolle acceptatie van het transplantaat te garanderen, is een zorgvuldige afstemming tussen donor en ontvanger noodzakelijk. Dit omvat het evalueren van factoren zoals weefselcompatibiliteit (HLA-matching), bloedgroepcompatibiliteit en andere genetische markers om de best mogelijke match voor de ontvanger te garanderen.