Allergieën worden niet geclassificeerd als auto-immuunziekten, omdat er geen sprake is van een aanval van het immuunsysteem op de eigen weefsels van het lichaam. Auto-immuunziekten komen voor wanneer het immuunsysteem gezonde cellen ten onrechte als lichaamsvreemd identificeert en er een aanval op uitvoert. Allergieën komen daarentegen voor wanneer het immuunsysteem overdreven reageert op onschadelijke stoffen in de omgeving, zoals pollen, stof of bepaalde voedingsmiddelen. Hoewel allergieën aanzienlijke symptomen en ongemak kunnen veroorzaken, is er geen sprake van dat het immuunsysteem de eigen weefsels van het lichaam aanvalt, wat het bepalende kenmerk is van auto-immuunziekten.