Verschillende allergenen veroorzaken verschillende symptomen omdat ze zich op verschillende delen van het immuunsysteem richten. Sommige allergenen, zoals pollen en huisstofmijt, worden ingeademd en veroorzaken luchtwegklachten zoals een loopneus, niezen en jeukende ogen. Deze allergenen worden doorgaans herkend door antilichamen genaamd immunoglobuline E (IgE), die zich binden aan de allergenen en de afgifte van histamine en andere ontstekingsmediatoren uit mestcellen en basofielen veroorzaken. Deze bemiddelaars veroorzaken de symptomen van een allergische reactie.

Andere allergenen, zoals bepaalde voedingsmiddelen en medicijnen, worden ingenomen en veroorzaken gastro-intestinale symptomen zoals diarree, misselijkheid en braken. Deze allergenen worden doorgaans herkend door antilichamen genaamd immunoglobuline G (IgG) of immunoglobuline A (IgA), die zich binden aan de allergenen en de afgifte van ontstekingsmediatoren uit immuuncellen in de darmen veroorzaken. Deze bemiddelaars veroorzaken de symptomen van een allergische reactie.

In sommige gevallen kan een allergeen zowel ademhalings- als gastro-intestinale symptomen veroorzaken. Dit komt omdat sommige allergenen zowel kunnen worden ingeademd als ingeslikt, of omdat ze kruisreacties kunnen veroorzaken met allergenen uit verschillende bronnen. Iemand die allergisch is voor pollen kan bijvoorbeeld ook allergisch zijn voor bepaalde soorten fruit en groenten, zoals appels en wortels, omdat deze voedingsmiddelen eiwitten bevatten die vergelijkbaar zijn met de eiwitten die in pollen voorkomen.