Er zijn drie veel voorkomende oorzaken van hypothyreoïdie. Hashimoto-thyroïditis is een chronische auto-immuunziekte waarbij het immuunsysteem van het lichaam per ongeluk zijn eigen schildklier aanvalt. De ziekte van Graves is een andere auto-immuunziekte die een ontsteking van de schildklier veroorzaakt en na behandeling of spontaan kan overgaan in hypothyreoïdie. Postpartum-thyreoïditis is de laatste en treedt een paar maanden vóór of na de bevalling op. Hoewel de aandoening zichzelf meestal binnen een paar maanden of jaren vanzelf herstelt, ontwikkelt deze zich soms tot permanente hypothyreoïdie, die een levenslange behandeling vereist.