De symptomen van de chronische ziekte van Lyme zijn gevarieerd en kunnen meerdere systemen van het lichaam aantasten. Enkele veel voorkomende symptomen zijn:

Spierstelsel :Gewrichtspijn, spierpijn, vermoeidheid,

Neurologisch :hoofdpijn, concentratieproblemen, geheugenproblemen,

Huid :Huiduitslag,

Hart :Hartkloppingen

Ogen :Conjunctivitis

Urogenitaal: Frequent urineren, pijn tijdens geslachtsgemeenschap

Gastro-intestinaal :buikpijn, misselijkheid,

Psychiatrisch :Depressie, stemmingswisselingen