Onvolledige penetrantie treedt op wanneer een genotype niet altijd het verwachte fenotype produceert. Dit kan worden veroorzaakt door een aantal factoren, waaronder:

Omgevingsfactoren: De omgeving kan een rol spelen bij het al dan niet tot expressie komen van een gen. Bepaalde genen komen bijvoorbeeld alleen tot expressie als reactie op specifieke omgevingsomstandigheden, zoals temperatuur of licht.

Epigenetische modificaties: Epigenetische modificaties zijn veranderingen in de structuur van het DNA die geen veranderingen in de DNA-sequentie zelf met zich meebrengen. Deze wijzigingen kunnen de genexpressie beïnvloeden en kunnen van generatie op generatie worden geërfd.

Genetische modificatoren: Genetische modificatoren zijn genen die de expressie van andere genen kunnen beïnvloeden. Een genetische modificator kan bijvoorbeeld de expressie van een gen verhogen of verlagen, of de timing van genexpressie veranderen.

Gendosering: Gendosering verwijst naar het aantal kopieën van een gen dat een organisme heeft. In sommige gevallen kan onvolledige penetrantie worden veroorzaakt door een gebrek aan gendosering. Als een gen bijvoorbeeld nodig is voor een bepaald fenotype en een organisme slechts één kopie van het gen heeft, komt het fenotype mogelijk niet tot expressie.

Onvolledige penetrantie kan het moeilijk maken om de genetica van een bepaald kenmerk te bestuderen. Het kan het ook moeilijk maken om het fenotype van een individu te voorspellen op basis van zijn genotype.