De behandeling van amoobische colitis hangt af van de ernst van de infectie en kan het volgende omvatten:

- Antibiotica: De primaire behandeling voor ameobische colitis bestaat uit antibiotica die effectief zijn tegen Entamoeba histolytica, zoals metronidazol of tinidazol.

- Chirurgie: In ernstige gevallen waarbij er sprake is van een perforatie van de darm of ernstige bloedingen, kan een operatie nodig zijn om het aangetaste deel van de dikke darm te verwijderen en eventuele schade te herstellen.

- Ondersteunende zorg: Dit kan onder meer intraveneuze vloeistoffen, elektrolyten en pijnstillers zijn om de symptomen onder controle te houden en uitdroging te voorkomen.

Het is essentieel om de volledige door de arts voorgeschreven antibioticakuur af te ronden, zelfs als de symptomen verbeteren, om de volledige eliminatie van de infectie te garanderen en terugval te voorkomen.