Het gebruik van methamfetamine is in verband gebracht met een verhoogd risico op het ontwikkelen van de ziekte van Crohn, een vorm van inflammatoire darmziekte. Het is echter belangrijk op te merken dat het gebruik van methamfetamine niet de enige oorzaak is van de ziekte van Crohn, en dat andere factoren zoals genetica, omgevingsfactoren en disfunctie van het immuunsysteem ook een rol spelen bij de ontwikkeling ervan. Onderzoek naar de relatie tussen het gebruik van methamfetamine en de ziekte van Crohn is nog steeds aan de gang, en verder onderzoek is nodig om de exacte mechanismen en causale verbanden vast te stellen.