De mucosale laag bekleedt weliswaar de dunne darm, maar is feitelijk de binnenste van drie weefsellagen die het gehele spijsverteringskanaal bekleden. Het slijmvliessysteem beschermt de binnenkant van het kanaal tegen chemische en mechanische factoren die het kunnen beschadigen. Dit zijn de drie lagen:

1. Mucosale laag:Deze laag bestaat uit een dunne laag epitheelcellen, ondersteund door een laag bindweefsel en een netwerk van bloedvaten en zenuwen. De slijmvlieslaag is verantwoordelijk voor de afscheiding van slijm, wat helpt de epitheelcellen tegen schade te beschermen.

2. Submucosale laag:deze laag bestaat uit een dikkere laag bindweefsel, waarin een netwerk van bloedvaten, zenuwen en lymfevaten ligt. Deze laag bevat ook klieren die spijsverteringssappen produceren.

3. Spierlaag:Dit is de buitenste laag van het spijsverteringskanaal. Het bestaat uit twee lagen gladde spieren, die verantwoordelijk zijn voor de samentrekkingen die voedsel door het kanaal bewegen.