De meeste bacteriën zijn nuttig. In feite is slechts ongeveer 1% van alle bacteriën pathogeen of ziekteverwekkend. De overgrote meerderheid van de bacteriën is feitelijk nuttig en speelt een belangrijke rol in het milieu en in ons lichaam. Bacteriën helpen bijvoorbeeld bij het afbreken van organisch materiaal, het recyclen van voedingsstoffen en het produceren van zuurstof. Ze helpen ons ook om voedsel te verteren, infecties te bestrijden en vitamines te produceren. Anaerobe bacteriën zijn bacteriën die geen zuurstof nodig hebben om te overleven. Sommige anaërobe bacteriën zijn nuttig, zoals de bacteriën die ons helpen voedsel te verteren, terwijl andere pathogeen zijn, zoals de bacteriën die tetanus en botulisme veroorzaken.