De aan- of afwezigheid van ziekteverwekkers in water kan niet direct worden getest. In plaats daarvan wordt het water beoordeeld door het vaststellen van de aanwezigheid van zogenaamde indicatororganismen, die wijzen op mogelijke verontreiniging.

Er zijn twee problemen bij het gebruik van indicatororganismen om de waterkwaliteit te beoordelen. Ten eerste duidt de afwezigheid van indicatororganismen niet noodzakelijkerwijs op de afwezigheid van ziekteverwekkers. Dit kan voorkomen als er een aantal ziekteverwekkers aanwezig zijn die niet door de indicatororganismen worden gedetecteerd, of als de indicatororganismen op het moment van bemonstering niet aanwezig zijn. Ten tweede duidt de aanwezigheid van indicatororganismen niet noodzakelijkerwijs op de aanwezigheid van ziekteverwekkers. Dit kan gebeuren als de indicatororganismen niet direct geassocieerd zijn met de betreffende ziekteverwekker, of als de indicatororganismen beter bestand zijn tegen de omgevingsomstandigheden dan de betreffende ziekteverwekker.