E. coli-culturen kunnen verschillende verbindingen produceren die bijdragen aan hun karakteristieke geur. Enkele van de belangrijkste verbindingen die verantwoordelijk zijn voor de geur zijn:

Indool: Indool is een heterocyclische aromatische organische verbinding met een sterke, fecaal-achtige geur. Het wordt geproduceerd door de afbraak van tryptofaan, een aminozuur dat voorkomt in eiwitten. E. coli produceert indool als bijproduct van zijn metabolisme, en het levert een van de belangrijkste bijdragers aan de kenmerkende geur van E. coli-culturen.

Skatol: Skatol is een andere heterocyclische aromatische organische verbinding met een sterke fecale geur. Het wordt ook geproduceerd door de afbraak van tryptofaan. Skatol is in hogere concentraties aanwezig in E. coli-culturen die zijn gekweekt in aanwezigheid van hoge concentraties tryptofaan.

Waterstofsulfide: Waterstofsulfide is een kleurloos gas dat een sterke, rotte eierengeur heeft. Het wordt geproduceerd door de reductie van sulfaationen, die aanwezig zijn in het groeimedium. E. coli produceert waterstofsulfide als bijproduct van zijn metabolisme en draagt ​​bij aan de onaangename geur van E. coli-culturen.

Andere vluchtige organische stoffen (VOS): Naast indool, skatol en waterstofsulfide kunnen E. coli-culturen verschillende andere VOS produceren die bijdragen aan hun geur. Deze VOS omvatten verbindingen zoals azijnzuur, boterzuur en propionzuur, die zure of scherpe geuren hebben.

Het specifieke geurprofiel van een E. coli-cultuur kan variëren afhankelijk van de E. coli-stam, de groeiomstandigheden en de aanwezigheid van andere micro-organismen. De hierboven genoemde verbindingen worden echter vaak geassocieerd met de geur van E. coli-culturen.