De associatie van micro-organismen met ziekten heeft een lange geschiedenis, die teruggaat tot de ontdekking dat bepaalde bacteriën en virussen specifieke ziekten konden veroorzaken. Halverwege de 17e eeuw toonde de Italiaanse arts Francesco Redi bijvoorbeeld aan dat maden niet spontaan voortkwamen uit rottend vlees, maar in plaats daarvan door vliegen werden afgezet. Vervolgens ontwikkelde Robert Koch in de 19e eeuw een reeks postulaten waarmee we kunnen bepalen of een micro-organisme de oorzaak van een ziekte is.

Naarmate meer en meer micro-organismen werden ontdekt en in verband werden gebracht met specifieke ziekten, werd het idee dat ziektekiemen ziekten veroorzaken algemeen aanvaard. Dit leidde tot de ontwikkeling van sanitaire voorzieningen en hygiënepraktijken, zoals het wassen van de handen, het bedekken van wonden en het koken van water, waardoor de incidentie van ziekten werd teruggedrongen.

In het begin van de 20e eeuw heeft de ontwikkeling van antibiotica, zoals penicilline, het verband tussen micro-organismen en ziekten verder versterkt. Antibiotica werken door het doden of remmen van de groei van bacteriën, en het gebruik ervan is ongelooflijk succesvol geweest bij de behandeling van bacteriële infecties.

Ondanks al dit bewijsmateriaal geloven sommige mensen nog steeds dat micro-organismen niet de oorzaak van ziekten zijn. Deze overtuiging is vaak gebaseerd op een verkeerd begrip van de wetenschap, of op een voorkeur voor alternatieve verklaringen, zoals de overtuiging dat ziekte wordt veroorzaakt door stress of andere leefstijlfactoren.

Concluderend kan worden gesteld dat het verband tussen micro-organismen en ziekten wordt ondersteund door eeuwenlang wetenschappelijk bewijs. Hoewel er nog steeds mensen zijn die deze associatie betwisten, is de overweldigende consensus onder wetenschappers dat micro-organismen de oorzaak zijn van veel ziekten.