Yersinia pestis , de bacterie die de pest veroorzaakt, wordt meestal geassocieerd met knaagdieren, vooral met wilde knaagdiersoorten zoals marmotten, eekhoorns en veldmuizen. Wanneer deze dieren besmet zijn, kunnen ze een vlooienbesmetting ontwikkelen, die de bacteriën vervolgens op de mens kan overbrengen. De belangrijkste schuilplaats voor Y. pestis bevindt zich dus in knaagdierpopulaties en in hun vlooien, die de bacterie kunnen dragen. Controle en monitoring van knaagdieren zijn van cruciaal belang om de verspreiding van de pest te voorkomen.