Anaerobe infecties komen het meest waarschijnlijk voor in delen van het lichaam waar sprake is van zuurstofgebrek, zoals:

- Het maag-darmkanaal: Dit gebied herbergt een verscheidenheid aan anaërobe bacteriën, die infecties kunnen veroorzaken zoals blindedarmontsteking, peritonitis en diverticulitis.

- Het vrouwelijke geslachtsorgaan: Anaërobe bacteriën kunnen infecties veroorzaken zoals vaginitis, bekkenontstekingsziekte (PID) en postpartuminfecties.

- De huid en zachte weefsels: Anaerobe bacteriën kunnen infecties veroorzaken zoals cellulitis, abcessen en necrotiserende fasciitis (vleesetende ziekte).

- De luchtwegen: Anaërobe bacteriën kunnen infecties veroorzaken zoals longontsteking, empyeem en longabcessen.

- Het centrale zenuwstelsel: Anaerobe bacteriën kunnen infecties veroorzaken zoals hersenabcessen en meningitis.