Pathogene organismen kunnen op twee manieren infecties en ziekten veroorzaken:

1. Gifstoffen: Sommige pathogene organismen produceren gifstoffen, schadelijke stoffen die cellen en weefsels kunnen beschadigen. Gifstoffen kunnen verschillende effecten hebben, waaronder het veroorzaken van ontstekingen, weefselvernietiging en orgaanfalen. Bijvoorbeeld het toxine geproduceerd door de bacterie Clostridium perfringens veroorzaakt gasgangreen, een ernstige infectie die kan leiden tot weefselsterfte en amputatie.

2. Invasieve groei: Sommige pathogene organismen kunnen gastweefsels binnendringen en beschadigen door daarin te groeien en zich te vermenigvuldigen. Dit kan leiden tot ontstekingen, weefselschade en orgaanfalen. Bijvoorbeeld de bacterie Staphylococcus aureus** kan de huid binnendringen en een verscheidenheid aan infecties veroorzaken, waaronder steenpuisten, abcessen en cellulitis.