1. Systemen voor beperkingswijziging (RM): Bacteriën kunnen RM-systemen bezitten die fungeren als een cellulaire veiligheidsschaar. Ze herkennen en snijden vreemd DNA, zoals dat van binnendringende fagen, door zich te richten op specifieke patronen die restrictieplaatsen worden genoemd. Ondertussen blijft het eigen DNA van de bacterie beschermd door modificaties zoals methylering die zelfvernietiging voorkomen.

2. CRISPR-Cas-systemen: Dit zijn geavanceerde immuunsystemen die in veel bacteriën en archaea voorkomen. Ze functioneren als adaptieve geheugenbanken voor eerdere ontmoetingen met fagen. CRISPR-Cas-systemen kunnen korte RNA-moleculen genereren die overeenkomen met de genetische sequentie van aangetroffen fagen. Deze RNA's begeleiden de Cas-eiwitten om elk toekomstig faag-DNA dat die specifieke sequentie draagt, nauwkeurig te targeten en te vernietigen.

3. Systemen voor mislukte infecties (Abi): Sommige bacteriën gebruiken Abi-systemen als een snel reagerend verdedigingsmechanisme. Wanneer een faag zijn DNA injecteert, activeert Abi een snel zelfvernietigingsprogramma in de bacteriecel, waardoor de infectie wordt afgebroken voordat de faagreplicatie zelfs maar kan beginnen. Deze strategie voorkomt de vorming van nageslachtfagen, waardoor de infectiecyclus effectief wordt verkort.