De exacte wijze van overdracht van encefalitis lethargica is nog niet volledig bekend, maar er wordt aangenomen dat de ziekte wordt verspreid door nauw contact met ademhalingsdruppeltjes of afscheidingen van een geïnfecteerde persoon. Het virus kan via de neus of mond het lichaam binnendringen en naar de hersenen reizen, waar het ontstekingen en schade veroorzaakt.