Een ziekteverwekkend micro-organisme wordt een ziekteverwekker genoemd. Ziekteverwekkers kunnen bacteriën, virussen, schimmels of parasieten zijn. Ze kunnen ziekten veroorzaken door cellen te beschadigen, gifstoffen te produceren of een immuunreactie te veroorzaken. Enkele veel voorkomende ziekteverwekkers zijn:

- Bacteriën:Salmonella, E. coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae

- Virussen:influenzavirus, HIV, hepatitisvirus, mazelenvirus

- Schimmels:Candida albicans, Aspergillus fumigatus

- Parasieten:malariaparasiet, mijnworm, lintworm