Cryptokokkose kan in ernst variëren van een milde, griepachtige ziekte tot een levensbedreigende infectie van de hersenen en/of longen.

Bij gezonde mensen veroorzaakt cryptokokkose meestal slechts een milde ziekte, met symptomen zoals koorts, hoofdpijn, spierpijn en hoesten. Bij mensen met een verzwakt immuunsysteem, zoals mensen met HIV/AIDS of orgaantransplantaties, kan cryptokokkose echter een ernstige infectie van de hersenen (cryptokokkenmeningitis) of de longen (cryptokokkenpneumonie) veroorzaken. Cryptokokkenmeningitis is een bijzonder ernstige infectie en kan dodelijk zijn als deze niet snel wordt behandeld.