Micro-organismen brengen ziekten over via verschillende mechanismen. Deze omvatten:

- Direct contact: Dit is de meest voorkomende manier waarop micro-organismen zich verspreiden. Er is sprake van wanneer iemand fysiek in contact komt met een besmet persoon of dier, of met een besmet voorwerp. Voorbeelden hiervan zijn het aanraken van iemand die verkouden is of griep heeft, of het aanraken van een oppervlak dat besmet is met de bacterie die voedselvergiftiging veroorzaakt.

- Druppeltransmissie: Dit gebeurt wanneer ademhalingsdruppeltjes die micro-organismen bevatten door een geïnfecteerde persoon in de lucht worden uitgestoten wanneer hij hoest, niest of praat. Deze druppeltjes kunnen door iemand in de buurt worden ingeademd, of ze kunnen op oppervlakken terechtkomen waar ze uren of zelfs dagen kunnen overleven. Voorbeelden hiervan zijn de griep en COVID-19.

- Overdracht via de lucht: Dit gebeurt wanneer micro-organismen in kleine deeltjes in de lucht zweven en diep in de longen kunnen worden ingeademd. Dit kan gebeuren wanneer iemand hoest of niest, of wanneer stof of andere deeltjes die micro-organismen bevatten worden verstoord. Voorbeelden hiervan zijn tuberculose en mazelen.

- Fomite-transmissie: Dit gebeurt wanneer micro-organismen worden overgedragen via een voorwerp of oppervlak dat ermee besmet is. Dit kan gebeuren wanneer iemand een besmet voorwerp aanraakt en vervolgens zijn gezicht aanraakt, of wanneer hij iets eet of drinkt dat besmet is. Voorbeelden zijn onder meer besmet voedsel of water, en voorwerpen zoals deurknoppen, werkbladen en geld.

- Vectoroverdracht: Dit gebeurt wanneer micro-organismen worden overgedragen door een dier of insect dat ze bij zich draagt. Voorbeelden hiervan zijn malaria, die wordt overgedragen door muggen, en de ziekte van Lyme, die wordt overgedragen door teken.