De term die vreemde moleculen beschrijft die het immuunsysteem binnendringen, is "antigenen". Antigenen worden door het lichaam als lichaamsvreemd herkend en zorgen er daarom voor dat het immuunsysteem reageert. Het kunnen eiwitten, suikers of andere moleculen zijn waar het immuunsysteem niet bekend mee is. Wanneer het lichaam antigenen tegenkomt, produceert het antilichamen om de vreemde stoffen af te weren en het lichaam tegen ziekten te beschermen.