De variabele gebieden van de lichte en zware ketens zijn verschillend tussen IgG- en IgM-antilichamen die zich op hetzelfde antigeen richten. Deze variabele gebieden zijn verantwoordelijk voor binding aan het antigeen, en de verschillen in hun aminozuursequenties zorgen ervoor dat elk type antilichaam aan een ander epitoop op het antigeen kan binden.

Bovendien zijn de constante gebieden van de zware ketens verschillend tussen IgG- en IgM-antilichamen. Deze constante regio's zijn verantwoordelijk voor de effectorfuncties van antilichamen, zoals binding aan complementaire eiwitten of Fc-receptoren op immuuncellen. De verschillen in de constante gebieden van IgG- en IgM-antilichamen maken het mogelijk dat ze verschillende effectorfuncties hebben.

IgG-antilichamen kunnen bijvoorbeeld binden aan complementeiwitten en de complementcascade activeren, wat leidt tot de vernietiging van doelcellen. IgM-antilichamen kunnen niet binden aan complementaire eiwitten, maar ze kunnen wel binden aan Fc-receptoren op immuuncellen en deze activeren, wat leidt tot het vrijkomen van ontstekingsmediatoren.