De twee belangrijkste soorten immunodeficiëntieziekten zijn:

1) Primaire immunodeficiëntieziekten (PID):Deze worden veroorzaakt door genetische defecten die de ontwikkeling en functie van het immuunsysteem beïnvloeden. Voorbeelden zijn onder meer ernstige gecombineerde immunodeficiëntie (SCID), X-gebonden agammaglobulinemie, Wiskott-Aldrich-syndroom en DiGeorge-syndroom.

2) Secundaire immuundeficiëntieziekten:Dit zijn verworven immuundeficiënties die optreden als gevolg van externe factoren zoals infecties (bijv. HIV/AIDS), bepaalde medicijnen, ondervoeding, chronische ziekten (bijv. diabetes, kanker) en veroudering.