De reactie van het immuunsysteem op een vaccin is specifiek omdat vaccins zijn ontworpen om zich op specifieke pathogenen of ziekten te richten. Elk vaccin bevat een verzwakte of geïnactiveerde vorm van een specifieke ziekteverwekker, of een deel daarvan, een zogenaamde antigeen. Wanneer een persoon wordt gevaccineerd, herkent zijn immuunsysteem het antigeen als lichaamsvreemd en zet het er een immuunreactie tegen in.

Deze immuunrespons omvat de productie van antilichamen die specifiek zijn ontworpen om te binden aan de beoogde ziekteverwekker en deze te neutraliseren. Deze antilichamen zijn zeer specifiek voor het antigeen dat in het vaccin aanwezig is en vertonen geen kruisreactie met andere antigenen. Deze specificiteit zorgt ervoor dat het immuunsysteem zijn reactie richt op de ziekteverwekker waartegen wordt gevaccineerd.

Vaccinatie stimuleert zowel de humorale immuniteit, waarbij de productie van antilichamen betrokken is, als de celgemedieerde immuniteit, waarbij gespecialiseerde immuuncellen, T-cellen genaamd, worden geactiveerd. Geheugencellen worden ook gegenereerd als onderdeel van de immuunrespons, waardoor het immuunsysteem snel kan herkennen en een sterkere reactie kan opbouwen als de persoon in de toekomst aan de daadwerkelijke ziekteverwekker wordt blootgesteld.

De specificiteit van door vaccins geïnduceerde immuunreacties is essentieel voor een effectieve bescherming tegen specifieke ziekten. Door zich op bepaalde antigenen te richten, helpen vaccins het immuunsysteem bij het ontwikkelen van specifieke verdedigingsmechanismen tegen mogelijke infecties, waardoor ziekten worden voorkomen of verminderd, terwijl het risico op ongewenste reacties op niet-doelpathogenen wordt geminimaliseerd.