Het difterievaccin veroorzaakt geen difterie, maar kan wel bijwerkingen veroorzaken. Bijwerkingen van het difterievaccin kunnen pijn, zwelling en roodheid op de injectieplaats zijn, evenals koorts, hoofdpijn en spierpijn. Deze bijwerkingen zijn meestal mild en verdwijnen binnen een paar dagen. In zeldzame gevallen kan het difterievaccin een ernstige allergische reactie veroorzaken, anafylaxie genaamd. Dit is een medisch noodgeval dat levensbedreigend kan zijn. Als u symptomen van anafylaxie ervaart, zoals moeite met ademhalen, zwelling van het gezicht of de keel, of netelroos, moet u onmiddellijk medische hulp inroepen.