Niet alle antigenen zijn immunogenen. Een immunogeen is een antigeen dat in staat is een immuunrespons te stimuleren, terwijl een antigeen elke stof is die door het immuunsysteem wordt herkend. Sommige antigenen zijn niet immunogeen, omdat ze niet door het immuunsysteem kunnen worden verwerkt of omdat ze niet de noodzakelijke moleculaire structuren bevatten om een ​​immuunrespons op te wekken. Sommige polysachariden zijn bijvoorbeeld antigenen maar niet immunogeen, terwijl sommige eiwitten zowel antigenen als immunogenen zijn.