Hoewel het Gardasil-vaccin zeer effectief is bij het voorkomen van infectie met de typen humaan papillomavirus (HPV) die door het vaccin worden gedekt, biedt het geen volledige bescherming tegen alle HPV-typen. Hierdoor is het na vaccinatie nog steeds mogelijk om HPV te krijgen, hoewel het risico aanzienlijk wordt verminderd.

Het Gardasil-vaccin beschermt tegen negen typen HPV:6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52 en 58. Deze typen zijn verantwoordelijk voor de meerderheid van de gevallen van baarmoederhals-, vulvaire en vaginale kanker, evenals een groot deel van de gevallen van anale en orofarynxkanker. Er zijn echter meer dan 100 verschillende typen HPV, en het vaccin biedt niet tegen al deze typen bescherming.

Na vaccinatie is het nog steeds belangrijk om veilige seks te beoefenen, inclusief het gebruik van condooms, om het risico op infectie met HPV-typen die niet door het vaccin worden gedekt te verminderen. Bovendien worden regelmatige uitstrijkjes of HPV-tests aanbevolen om te screenen op de aanwezigheid van een HPV-infectie en om eventuele voorstadia van kanker op te sporen.