Hi-C en aanverwante technieken vormen een groep methoden voor het vastleggen van de conformatie van chromosomen die worden gebruikt om de ruimtelijke organisatie van het genoom te bestuderen.

Deze technieken meten de frequentie van fysieke interacties tussen verschillende delen van het genoom, waardoor inzicht wordt verkregen in de chromatinestructuur van hogere orde en regulerende interacties op lange afstand. Hier volgen enkele veelgebruikte Hi-C- en aanverwante technieken:

1. Hi-C (opname van chromatineconformatie met hoge doorvoer):

Dit is de originele en meest gebruikte Hi-C techniek. Het omvat het verknopen van op elkaar inwerkende chromatinesegmenten, het fragmenteren van het DNA en het vervolgens aan elkaar ligeren van de DNA-fragmenten. De geligeerde fragmenten worden vervolgens gesequenced en de resulterende gegevens worden gebruikt om een ​​genoombrede interactiekaart te genereren.

2. 5C (Circulaire chromosoomconformatie vastleggen):

Deze techniek is vergelijkbaar met Hi-C, maar gebruikt een andere bibliotheekvoorbereidingsmethode die resulteert in circulair gemaakte DNA-fragmenten. Circularisatie maakt een efficiëntere registratie van langeafstandsinteracties mogelijk en kan gegevens met een hogere resolutie opleveren in bepaalde delen van het genoom.

3. ChIA-PET (analyse van chromatine-interactie door tag-sequencing met gepaarde uiteinden):

Deze techniek combineert chromatine-immunoprecipitatie (ChIP) met Hi-C om de langeafstandsinteracties te identificeren die verband houden met specifieke eiwitten of histon-modificaties. Het kan worden gebruikt om de interacties van specifieke transcriptiefactoren of andere regulerende eiwitten met hun doelgenen in kaart te brengen.

4. PLAC-seq (Proximity ligation-assisted chromatine sequencing):

Deze techniek maakt gebruik van nabijheidsligatie om op elkaar inwerkende DNA-fragmenten vast te leggen vóór sequencing. Het maakt de detectie van interacties met een hogere resolutie mogelijk in vergelijking met traditionele Hi-C-methoden en kan informatie verschaffen over de oriëntatie van op elkaar inwerkende sequenties.

5. Hi-C vastleggen:

Deze techniek maakt gebruik van gebiotinyleerde RNA-sondes om interacties tussen specifieke genomische regio's van belang te verrijken. Door probes te ontwerpen die zich op specifieke loci richten, maakt Capture Hi-C gerichte analyse van genomische interacties op een regiospecifieke manier mogelijk.

Elk van deze technieken levert waardevolle informatie op over de driedimensionale organisatie van het genoom en heeft bijgedragen aan ons begrip van genregulatie, chromatinedynamiek en nucleaire architectuur. De techniekkeuze hangt vaak af van de specifieke onderzoeksvraag en het gewenste resolutie- en kaartbaarheidsniveau.