HIV vernietigt geen hersencellen, wat verwarring en geheugenverlies veroorzaakt. In plaats daarvan kan HIV de cellen infecteren die hersencellen ondersteunen, waardoor de hersenen indirect worden aangetast. In sommige gevallen kan HIV leiden tot een aandoening die bekend staat als HIV-geassocieerde neurocognitieve stoornissen (HAND), die een reeks cognitieve problemen kan veroorzaken, waaronder verwarring, geheugenverlies, problemen met denken en concentreren, en veranderingen in persoonlijkheid en gedrag. HAND wordt echter niet veroorzaakt doordat HIV hersencellen direct vernietigt.