Oogkleur is een polygeen fenotypisch karakter dat wordt bepaald door twee hoofdfactoren:de hoeveelheid melanine in de stromale laag van de iris en de verstrooiing van licht in het stroma. De oogkleur wordt gewoonlijk geclassificeerd als bruin, blauw, groen of hazelnootkleurig. Er zijn echter veel variaties en combinaties van deze kleuren, en de oogkleur kan in de loop van de tijd veranderen.

Melanine is een pigment dat kleur geeft aan huid, haar en ogen. De hoeveelheid melanine in de iris bepaalt de donkerheid of lichtheid van de oogkleur. Bruine ogen hebben veel melanine, blauwe ogen hebben heel weinig melanine en groene ogen hebben een matige hoeveelheid melanine.

De verstrooiing van licht in het stroma is een andere factor die de oogkleur bepaalt. Het stroma is het bindweefsel dat het grootste deel van de iris vormt. Wanneer licht het stroma raakt, wordt het in alle richtingen verstrooid. Deze verstrooiing van licht geeft de ogen hun karakteristieke schittering. De hoeveelheid en het type verstrooiing zijn afhankelijk van de grootte, vorm en dichtheid van de collageenvezels in het stroma.

Oogkleur is een complexe eigenschap beïnvloed door verschillende genen en omgevingsfactoren. De exacte genetische mechanismen die de oogkleur bepalen zijn nog niet volledig bekend, maar het is bekend dat er meerdere genen bij betrokken zijn. Sommige van deze genen coderen voor eiwitten die betrokken zijn bij de productie of het transport van melanine. Andere genen coderen voor eiwitten die betrokken zijn bij de verstrooiing van licht in het stroma.

Omgevingsfactoren , zoals blootstelling aan zonlicht en leeftijd, kunnen ook de oogkleur beïnvloeden. Blootstelling aan zonlicht kan ervoor zorgen dat de iris donkerder wordt, en door veroudering kan de iris lichter worden.