Het spijsverteringssysteem van stekelhuidigen varieert afhankelijk van de specifieke groep. Sommige stekelhuidigen, zoals zee-egels en zanddollars, hebben een gespecialiseerd spijsverteringssysteem dat bekend staat als de lantaarn van Aristoteles. Dit apparaat bestaat uit een complexe opstelling van kalkhoudende platen en spieren die een kauwmechanisme vormen. De lantaarn bevindt zich in de mondstreek en wordt gebruikt om voedsel te schrapen en af ​​te breken. Het spijsverteringskanaal bij deze stekelhuidigen is relatief eenvoudig en bestaat uit een mond, slokdarm, maag en darm.

Aan de andere kant hebben andere stekelhuidigen, zoals zeekomkommers, een ander type spijsverteringsstelsel. Ze hebben een lange, opgerolde darm die door hun lichaam loopt. De darm is gespecialiseerd in het opnemen van voedingsstoffen uit ingenomen voedsel. Zeekomkommers voeden zich met organisch materiaal dat in het sediment wordt aangetroffen, en hun spijsverteringssysteem helpt bij de afbraak en opname van deze materialen.

Over het algemeen staan ​​stekelhuidigen bekend als generalistische voeders, wat betekent dat ze een breed scala aan voedselbronnen hebben. Verschillende soorten kunnen zich voeden met algen, afval, kleine ongewervelde dieren of zelfs andere stekelhuidigen. De specifieke aanpassingen van het spijsverteringsstelsel van elke groep stellen hen in staat verschillende voedselbronnen te exploiteren en te overleven in hun respectieve omgevingen.